Oncken considera valoroasă instruirea lucrătorilor baptiști, dar insista pe învățarea experențială, considerând încurajarea utilizării darurilor spirituale mai importantă decât pregătirea academică. În 1849, împreună cu Köbner și Lehmann, el a pus bazele unei școli de misiune, cu durata de cinci-șase luni, care în 1880 avea să se transforme într-o instituție academică, anume Seminarul Teologic Baptist din Hamburg. Această școală era organizată periodic, la câțiva ani odată, când exista un nucleu suficient de studenți și fonduri disponibile pentru susținerea ei. În cadrul școlii de misiune aveau să se formeze aproximativ 100 de lucrători, până în 1880, printre care August Liebig, care a fost pastor la București, Cataloi și Odesa, precum și Johann Kargel, fondatorul bisericii din Ruse și colaborator apropiat al baptiștilor germani din București.

Când nu existau suficienți candidați, Oncken oprea pentru mentorare directă și practică consistentă diverși tineri promițători. Așa a făcut cu Johann Pritzkau, când acesta avea 26 de ani, precum și cu tânărul de doar 21 de ani, Vasile Pavlov, fost pastor, printre altele, la Tulcea și unul dintre liderii marcanți ai baptismului rus. La final, absolvenții erau ordinați și trimiși pe câmpul de misiune, nevoia de lucrători antrenați fiind una acută. Tot în 1849, Köbner avea să publice Glaubenstimme, prima culegere de cântări creștine a baptiștilor germani, din care colportorul de Biblii baptist Philipp Spiess, botezat la Cataloi, a tradus câteva și în limba română.

Despre Oncken, cunoscutul istoric confesional, Leon McBeth, a spus că a fost cu un cap de-asupra celorlalți pionieri ai credinței baptiste din Europa:

Oncken a fost omul-societate misionară, omul-seminar teologic și omul-centru de distribuire de literatură creștină.

Amprenta distinctivă pusă de Oncken asupra mișcării baptiste evidențiază accentul, în cazul individului, pe autoritatea Bibliei, pe o convertire reală, pe botezul prin imersie ca mărturisire a credinței, pe integrarea activă într-o biserică locală și pe trăirea devizei „fiecare baptist un misionar” iar, la nivel comunitar, pe o mărturie de credință, solidă, biblică, detaliată și pe o organizare bisericească bazată pe principii sănătoase. Transmițând la pachet, cu minuțiozitate, atât fondul cât și forma, Oncken a asigurat fundamentul unei multiplicări eficiente și sănătoase.

Lucrarea din Hamburg a crescut de la an la an și, din lipsa unui spațiu suficient pentru întâlnirile bisericii, a fost achiziționată clădirea unui fost depozit de cereale, cu trei nivele. La doar câteva săptămâni de la achiziționarea clădirii, în noaptea dintre 4/5 mai 1842, Hamburgul a căzut pradă flăcărilor, înregistrându-se pagube uriașe, aproximativ o treime din oraș fiind complet distrus. Imediat baptiștii și-au oferit bunele servicii autorităților, transformând acea clădire în adăpost ad-hoc pentru sinistrați și răniți. Diaconul Johannes Lange s-a focalizat exclusiv pe coordonarea lucrării de ajutorare a sinistraților. Lucrul acesta a fost remarcat de autorități care, din acel moment, și-au revizuit atitudinea față de baptiști, chiar dacă au mai existat ceva persecuții. Concomitent, la ultimul etaj, baptiștii își țineau serviciile religioase, mulți dintre cei găzduiți în etajele inferioare participând la aceste întâlniri și convertindu-se. Mai târziu, în 1857 biserica a primit o primă recunoaștere legală iar în 1866, baptiștii din Hamburg au primit statut egal cu celelalte confesiuni mari, inclusiv cu luteranii. Acest lucru a declanșat procese similare în toată Germania. La nivel federal însă, baptiștii au devenit egali în drepturi cu celelalte culte abia în 1930.

Emblema Hamburgului în flăcări: turnul de 122 de metri al bisericii St. Nikolai, clădire fondată în 1195. Moment apoteotic al marelui incendiu din 1842.După marele incendiu, baptiștii au descoperit un nou câmp de misiune, printre meseriașii veniți din alte părți. Angajați pe șantiere sau în ateliere, mulți dintre aceștia erau din Europa Centrală și de Răsărit, atrași de oferta generoasă de lucru, datorată efortului uriaș de reconstrucție. Astfel, printre cei botezați la Hamburg în acei ani, au fost mulți dintre străinii veniți la muncă. Odată cu întoarcerea acestora în locurile de baștină, baptiștii au câștigat misionari! În numărul lor s-a aflat și tânărul tâmplar Carl Johann Scharschmidt (1820-1895), sosit în 1843 împreună cu alți cinci tineri tâmplari de origine germană din Ungaria și Austria, cu toții provenind din familii catolice: Johann Voyka, Johann Rottmayer, Josef Marschall, Anton Hornung și Andreas Tevely.

Rottmayer a fost găzduit de un membru al bisericii lui Oncken, pe nume Hinrichs, prin intermediul căruia a fost evanghelizat. Pe 4 mai 1844, el a fost botezat în Elba, figurând ca al 283-lea membru al bisericii din Hamburg. Prin intermediul lui, tot grupul a venit la credință, ceilalți fiind botezați ulterior, mai întâi Voyka și Marschall, apoi Scharschmidt, Hornung și Tevely. Oncken a fost foarte interesat de acest grup și l-a avut sub observație și îngrijire. Vreme de aproape doi ani, el i-a implicat în viața și lucrarea efervescentă a bisericii din Hamburg, într-un proces informal de ucenicie și mentorare, în care ceea ce învățau puneau în practică.

În urma convertirii acestor șase tineri proveniți din Imperiul Habsburgic, Oncken a căpătat o viziune aparte pentru misionarea țărilor dunărene, lucrare care mulți ani mai târziu va fi numită „Donauländern Mission”, implicând Austria, Ungaria, Serbia, Bulgaria și Principatele Române.

Hermann Philip la bătrânețe, pe când misiona printre evreii ghettoului din Roma.

Ca atare, în 1846, Oncken a dezvoltat un plan prin care să aprindă flacăra misiunii în Ungaria și Moldova, pornind de la comunitățile germane existente. În timp ce era preocupat cu alcătuirea acestui plan, el a făcut cunoștință cu Hermann Philip, misionar pentru evrei al Free Church of Scotland, care lucra la Iași încă din 1841 împreună cu Daniel Edwards. Scoțienii aveau și la Budapesta un punct de misiune, deschis un an mai târziu, care era extrem de eficient. Philip l-a informat că în Moldova erau mulți protestanți germani și austrieci, aflați în condiții spirituale deplorabile, presându-l să trimită doi-trei misionari la Iași și alți doi-trei la Budapesta. Scoțienii erau mai mult decât interesați de un asemenea demers misionar, fiindcă ei erau orientați strict asupra evanghelizării evreilor, care la acea oră formau aproape jumătate din populația Iașului, însă aveau nevoie de o biserică vie în care să își poată integra convertiții.

Planul lui Oncken era să îi trimită în această misiune pe cei șase tineri tâmplari, împreună cu un al șaptelea credincios german, care se oferise voluntar pentru această lucrare. Grupul celor șapte trebuia să meargă la Budapesta, unde urma să se împartă în trei. Doi sau trei urmau să rămână în capitala Ungariei, doi urmau să meargă la Iași și ceilalți doi urmau să meargă la Pécs. Oncken deja pregătise logistica: 20.000 de tractate, 500 de Nou Testamente precum și altă literatură creștină, acestea urmau a fi trimise la Budapesta, puțin înainte de plecarea grupului. Întrucât erau relativ tineri în credință, niciunul dintre membrii acestui grup nu fusese ordinat.

Din motive care nu sunt clare, Tevely s-a retras din proiect iar Anton Hornung și Joseph Marschall au fost trimiși în final la Viena, nemaiajungând la Iași, cum era planul inițial. Probabil a cântărit faptul că Marschall și Hornung erau de origine austriacă, primul născându-se chiar în apropierea capitalei austriece. Astfel Iașul a ratat șansa de a fi primul focar al misiunii baptiste pe tărâm românesc, mutarea dovedindu-se în final neinspirată, fiindcă la Iași era pe atunci mult mai multă libertate pentru misionari decât la Viena, Budapesta și Pécs.

Urmând planul lui Oncken, cei șase tineri misionari au plecat în primăvara anului 1846 la Viena. Hornung și Marschall au rămas aici, ceilalți patru, după un popas de câteva zile, s-au îndreptat spre Budapesta, unde au ajuns pe 20 mai. Scharschmidt era originar din Ofen, denumirea germană pentru Buda, în timp ce Rottmayer se născuse chiar în Pesta. La vremea respectivă Buda era predominant germană iar Pesta era majoritar maghiară. Tot așa, J. L. Lorders și cu Johann Voyka, acesta din urmă fiind cel mai tânăr dintre toți, având doar 19 ani, au plecat la Pécs, orașul natal al lui Voyka, unde locuiau părinții și rudele lui. Și unii și ceilalți au început prin a distribui literatură creștină și tractate, furnizate de Oncken de la Tract Society și de la Edinburgh Bible Society, al căror distribuitor era de la stabilirea lui în Hamburg.

Lucrarea se desfășura în condiții extrem de dificile. Opoziția înverșunată a clerului catolic, precum și cea a autorităților laice, a împiedicat ca ea să prindă rădăcini. La un moment dat, Rottmayer și Scharschmidt au fost arestați și amenințați cu detenția. Doar intervenția miraculoasă a unui pastor reformat, pe lângă soția Prințului Palatin, Arhiducesa Maria Dorothea, o femeie evlavioasă, atașată de curentele pietiste, s-a dovedit salvatoare.

Confruntați cu greutăți atât de mari, la nici un an de la sosirea în Ungaria, cei patru au solicitat ajutor suplimentar de la Hamburg. Considerând acest demers unul foarte important, Oncken l-a trimis la Budapesta chiar pe fiul său, Fritz, care era ordinat ca lucrător. (Conform unor surse, Fritz Oncken, al cărui nume era Johann Friedrich Oncken nu era fiu, nici rudă cu J. G. Oncken). Împreună cu el a mai fost trimis și G. Kruse, care avea misiunea de a-i asista pe cei doi misionari din Pécs. Cu tot sprijinul primit, misiunea înainta greu, solicitând multă prudență, din cauza opoziției acerbe a clerului catolic. Totuși, în raportul anual s-a menționat că au fost botezați, în acel an, doi convertiți la Budapesta și alți doi la Viena, de către cei doi lucrători trimiși să ajute aceste noi puncte de misiune.

După ceva vreme, Voyka și Lorders au abandonat proiectul din Pécs, foarte probabil la sfatul lui Kruse, din cauza opoziției survenite din partea familiei lui Voyka și a clerului catolic. Localitatea fiind mai mică, orice încercau să facă era observat imediat. Ca urmare, cu toții s-au alăturat celor din Budapesta.

Odată cu începutul Revoluției de la 1848, beneficiind de libertățile ceva mai mari, baptiștii s-au implicat într-o campanie de distribuire de tractate din ușă în ușă, pregătind o săptămână de evanghelizare, susținută de însuși J. G. Oncken. Acesta avea să vină aici după o vizită la Viena, pe 24 iunie 1848. În cele șase zile cât a stat la Budapesta, Oncken a predicat de trei ori în fața unei asistențe care nu a depășit 50 de persoane. Se bănuiește că el ar fi botezat atunci câteva persoane, cel puțin așa rezultă dintr-o scrisoare pe care a scris-o prin 1874.

Întrucât Europa fierbea în cazanul mișcărilor revoluționare, Budapesta nefiind scutită de acest lucru, Oncken le-a recomandat prudență maximă și evitarea activităților care puteau declanșa reacții violente. Totuși, în cele aproape 12 luni cât Kossuth a deținut puterea, misionarii baptiști s-au bucurat de un grad ridicat de libertate, întrucât guvernul revoluționar proclamase libertate religioasă deplină. Chiar și soția lui Lajos Kossuth a luat parte la o întâlnire a baptiștilor.

Fritz OnckenSpre finele anului 1848, în contextul turbulențelor revoluționare, Fritz Oncken a fost relocat la Viena și de acolo la Hamburg, de unde a fost trimis în 1849 ca pastor la Bremen. După o vreme, Voyka a fost nevoit și el să se refugieze la Hamburg, fiindcă fusese implicat pe față în sprijinul revoluționarilor și risca arestarea pe motive politice. Acolo s-a căsătorit cu o scoțiancă, stabilindu-se în final la Glasgow, unde a înființat o companie, existentă și în ziua de azi. Ani de zile mai târziu, devenind prosper, Voyka a fost unul dintre sponsorii majori ai misiunii baptiste din Ungaria.

În 1850 și Lorders a plecat la Hamburg, pentru a urma cursurile școlii de misiune inițiate de Oncken, făcând parte din a doua promoție a acesteia. După absolvirea ei, el a fost trimis ca pastor misionar la Lübeck. Pe de altă parte, tot cam în această perioadă, Anton Hornung a venit de la Viena la Budapesta, în urma închiderii punctului de misiune de acolo, misiunea în Austria devenind absolut imposibilă după înfrângerea mișcărilor revoluționare. Inclusiv Societatea Biblică Britanică s-a trezit cu depozitul închis și cărțile confiscate, Edward Millard fiind nevoit să plece la Breslau.

După ce Kossuth a fost învins și el, situația s-a agravat teribil și la Budapesta. În urma instaurării legii marțiale, evident, orice întrunire publică era interzisă. În acel context dificil, Hornung s-a frânt din cauza presiunii și terorii, renunțând la credință. Avea să se întoarcă în mijlocul fraților săi abia în 1861. Lucrarea se desfășura în cel mai deplin secret, întrucât poliția vedea spioni și revoluționari oriunde se întrunea un grup de oameni. La un moment dat, Rottmayer a fost iarăși arestat, confiscându-i-se toată literatura găsită la el.

Perioada care a urmat, cea a absolutismului habsburgic, a fost una extrem de întunecată. În 1855, biserica catolică a căpătat puteri discreționare, după ce Împăratul Franz Josef a semnat Concordatul cu Vaticanul. Probabil ca o consecință a acestei uși închise, în aprilie 1856, foarte posibil la sugestia sau cu aprobarea lui Oncken, Scharschmidt avea să plece la București, împreună cu soția lui, Augusta și cu cei doi copii micuți ai lor.

Johann Rottmayer / Imagine obținută cu ajutorul d-nei conf. Mihaela BucinDintre cei patru misionari veniți de la Hamburg, cărora ulterior li s-au alăturat Fritz Oncken, Kruse și Hornung, doar Johann Rottmayer mai era pe baricade. Văzând că rămâne singur, după ce Scharschmidt a decis să plece la București, el i-a trimis un mesaj sfâșietor lui Oncken, afirmând în acesta că, deși trecuseră 12 ani de când, prin mila lui Dumnezeu, fusese luat de pe căile rătăcite, și mai bine de 9 ani de când venise pe câmpul de misiune, totuși rezultatele se lăsau așteptate. Mai mult, contemplând plecarea apropiată a familiei Scharschmidt, Rottmayer spunea că și familia lui se gândea cu drag la posibilitatea mutării în altă parte, unde să le fie mai bine din punct de vedere spiritual, totuși considerau că nu e bine să plece fără a fi trimiși de acolo. Neprimind semnal verde, a rămas pe loc, lucrând pe ascuns în timpul liber, întreținându-se din lucrarea atelierului de tâmplărie pe care îl opera. Și n-a fost în zadar.

După alți nouă ani, pe 19 iulie 1865, pastorul bisericii din Berlin, G. W. Lehmann, a botezat în Dunăre, la Budapesta, în miez de noapte, trei femei și trei bărbați, care fuseseră evanghelizați de Rottmayer. Pentru acest botez, Lehmann a venit de la Viena, unde botezase pe soția și pe cei doi fii ai lui Edward Millard, directorul agenției austriece a Societății Biblice Britanice (BFBS), reîntors recent în capitala Austriei.

August LiebigConvertirea familiei Millard a fost o bornă extrem de importantă privind viitorul lucrării din Ungaria, Transilvania și România. Două luni mai târziu, August Liebig, aflat în drum spre București după ce participase la cursurile școlii de misiune din Hamburg, perioadă în care s-a și căsătorit, a sosit împreună cu tânăra lui soție la Budapesta. Au rămas aici câteva zile, ocazie cu care Liebig l-a botezat pe fiul de numai 17 ani al soților Rottmayer. Tânărul Johann Rottmayer jr. a devenit lucrător în Germania și, ulterior, a fost angajat de Millard la Viena, lucrând peste trei decenii acolo, suplinind multă vreme și pastorația bisericii locale. Ulterior s-a întors în orașul în care s-a stabilit tatăl lui, la Cluj, ajutând biserica baptistă germană din Cluj și făcând misiune în alte zone locuite de germani din Transilvania și Banat, dar și în Regat și în Bulgaria. Participând la congresul de înființare al Alianței Baptiste Mondiale, desfășurat în 1905 la Londra, Rottmayer Jr. a fost confundat cu tatăl său, care murise între timp, dar cu care semăna foarte bine.

Edward MillardÎn 1866, descurajat după rezultatele foarte mici survenite în cei 20 de ani de misiune la Budapesta și confruntat cu probleme financiare serioase, Rottmayer se gândea serios să renunțe și să emigreze cu familia în SUA. În acea vreme, el a primit vizita lui Edward Millard, agentul BFBS din Viena, care tocmai făcuse un turneu prin Transilvania, pentru a explora posibilitatea deschiderii unui depozit de Biblii. Aflând despre necazurile și planurile sale, Millard i-a propus lui Rottmayer să se mute la Cluj, pentru a fi administratorul depozitului de Biblii planificat a fi deschis acolo. La foarte scurt timp după ce acesta a acceptat, soția lui a murit. După înmormântare, el și-a lichidat atelierul de tâmplărie și, luându-și copiii, s-a mutat la Cluj.

Recăsătorit ulterior cu una dintre persoanele botezate de Lehmann la Budapesta, Rottmayer a depus o lucrare deosebită la Cluj, organizând o Școală Duminicală pentru copii, prima din arealul locuit de români, și punând umărul la fondarea bisericii de aici, deși statutul de angajat al BFBS îi interzicea să facă propagandă pentru un cult anume. În toamna anului 1869, aici a primit vizita lui Oncken, după ce acesta vizitase bisericile din Ucraina, cât și pe cele de la Cataloi, Atmagea și București.

Crucea lui Rottmayer a fost cea de-a doua soție, descrisă drept o femeie cumplit de rea și de perfidă, cu un comportament isteric, care genera numai conflicte, motiv pentru care ea a fost exclusă de Heinrich Meyer, păstorul bisericii din Budapesta. În ziua excluderii, ea l-a dat afară din casă pe Meyer, în ciuda prieteniei dintre acesta și soțul ei. Evident, situația aceasta a dăunat misiunii directe, însă Rottmayer l-a sprijinit mult indirect pe Meyer, în lucrarea din Transilvania, șase dintre colportorii pe care i-a angajat la depozit devenind și ei baptiști. Printre ei s-a numărat Johann Gromen, angajat ulterior ca misionar de Meyer și devenit pastor la mai multe biserici germane, printre care cea din Sibiu.

Primul fascicol din Biblia care avea să fie cunoscută sub numele de „Biblia de la Iași”, tradusă și publicată sub auspiciile Societății Biblice BritaniceRottmayer și acești colportori realizau contacte în teren, chemându-l pe Meyer să le fructifice. În ultimii ani ai vieții sale și Anton (Antal) Novak, cel care a desțelenit terenul la Salonta, a fost subordonatul lui Rottmayer, finalizându-și viața pe când era în misiune, distribuind Biblii și Nou Testamente pe lângă Brașov. Rottmayer a rămas în serviciul Societății Biblice Britanice vreme de trei decenii, în rapoartele acestei organizații vorbindu-se despre el la superlativ. Prin depozitul de la Cluj, singurul din Transilvania, au fost alimentați colportorii care distribuiau în Ardeal și Banat Biblii și Nou Testamente, în limbile română, maghiară, germană, ebraică și idiș, precum și în alte limbi, conform cererii. În același timp, când după 1880, Mihai Cornea a început să misioneze în Cluj, Rottmayer i-a acordat tot sprijinul său.

Ani de zile după excluderea soției lui Rottmayer, prin 1890-1891, aceasta a intrat în contact cu misionarul adventist Conradi și a decis să treacă la adventism. Ca urmare, ea l-a obligat pe soțul ei, spre finalul vieții lui, să trăiască după preceptele adventiștilor, lucru care i-a determinat pe unii să-l considere trecut în numărul lor. Când ea a trecut la adventiști, Rottmayer fiind în vârstă, având deja 72 sau 73 de ani, sătul de conflicte, a preferat să nu-i stea de-a curmezișul, pentru a avea liniște. În acești ultimi ani de viață, el se bucura tare mult când era vizitat de foștii săi colaboratori din rândul baptiștilor. Inițial și fiica lui a trecut la adventism, însă i-a trecut repede, revenind în rândul bisericii baptiste. Ulterior, ea s-a căsătorit cu unul dintre liderii marcanți ai baptiștilor maghiari din Budapesta.

Cu plecarea lui Rottmayer din Budapesta, tentativa de plantare a unei biserici în capitala Ungariei a fost temporar abandonată, puținii membri existenți dispersându-se. Lucrarea avea să fie reluată abia în 1874 prin intermediul lui Heinrich Meyer, după ce acesta a avut două tentative eșuate de a face misiune, mai întâi la Odesa, apoi la Galați și după o experiență conflictuală în calitate de colportor de Biblii la Zagreb, cauzat de zelul său misionar, care nu era văzut bine.

În nucleul celor care au re-fondat biserica din Budapesta, la pozițiile 8-11 din registrul de membri s-au aflat doi germani din Cataloi, colportori de Biblii, împreună cu soțiile lor. Unul dintre aceștia a avut ulterior un rol esențial în inițierea primei misiuni baptiste din Slovacia. Asemenea Bucureștiului, biserica din Budapesta a fost fondată de germani. Abia în 1875, prin meritul lui Anton Novak, lucrarea s-a extins la maghiari, apoi după câțiva ani, extinzându-se și la români. Dincolo de Carpați însă, lucrurile au evoluat mai încet, migrând mai întâi spre ruși și mult mai târziu spre români.